De naam Cupertino is ontleend aan de zwakbegaafde heilige Jozef (1603 -1663) uit het Italiaanse Copertino. Als kind leed hij aan epilepsie en ondanks zijn beperkingen trad hij in 1621 in bij de Conventuelen en werd later tot priester gewijd. Hij werd de vliegende heilige genoemd omdat hij zich, tijdens religieuze extases, van de grond zou kunnen opheffen. Vaak wordt Jozef van Cupertino dan ook zwevend afgebeeld. In 1767 werd hij door paus Clemens XIII heilig verklaard. In de loop der eeuwen is hij de patroonheilige geworden van verstandelijk gehandicapten, moeilijk lerende kinderen, luchtreizigers en in de Tweede Wereldoorlog van Amerikaanse piloten.
Cupertino is als vereniging opgericht in 1946. Bedoeld om de ‘nazorg’ na het Buitengewoon Lager Onderwijs te stimuleren, ontwikkelde Cupertino zich tot een landelijke vereniging van rooms-katholieke sociaalpedagogische diensten en gezinsvervangende tehuizen ten behoeve van mensen met een verstandelijke beperking. Via haar bureau in ‘s-Hertogenbosch had Cupertino veel contact met het betrokken ministerie. Cupertino werkte samen met de protestants-christelijke en de neutrale zusterorganisatie in de Federatie SPZ. Vanuit die federatie werd in 1977 het bureau SOMMA opgericht. De werkontwikkeling van sociaalpedagogische diensten werd aan dit bureau overgedragen. De SOMMA ontwikkelde zich tot dé landelijke koepelorganisatie van de sociaalpedagogische diensten in Nederland en draagt tegenwoordig de naam MEE Nederland.
De gezinsvervangende tehuizen bundelden zich weer in een koepel voor semimurale voorzieningen, waaruit na meerdere fusies de Vereniging GehandicaptenZorg Nederland (VGN) is voortgekomen. Deze ontwikkelingen leidden in de jaren tachtig niet alleen tot een afslanking van het bureau van Cupertino, ook werd de missie van de vereniging bijgesteld. Zij richtte zich voortaan op het bevorderen van aandacht voor levensbeschouwing en ethiek in de zorg voor de doelgroep, zowel voor thuiswonenden als voor bewoners van instellingen. Er werden landelijk cursussen over levensvragen en ethiek georganiseerd en vanaf 1986 werd viermaal per jaar het Cupertino Bulletin uitgegeven. Onder begeleiding van een denktank, naar Joods gebruik leerhuis geheten, liet Cupertino diverse publicaties het licht zien. Enkelen daarvan zijn: Feestelijk gehandicapt, De ziel van het werk, Het geweten van het werk en Leven in het zorgplan. (Zie meer bij publicaties) Van 1967 tot 1995 organiseerde Cupertino vakantiereizen voor mensen met een verstandelijke beperking, hun ouders en verwanten. Ook werd gedurende tien jaar jaarlijks een congres georganiseerd waaraan ook werd deelgenomen door mensen met een verstandelijke beperking en hun begeleiders.
In 1985 vond Cupertino onderdak bij de Katholieke Landelijke Vereniging voor Maatschappelijk Activeringswerk, nu Actioma, in ‘s- Hertogenbosch. Het contact met de aangesloten SPD-en is in de loop der jaren zodanig verwaterd, dat in 1997 besloten werd de vereniging om te vormen tot een stichting.
In de statuten van Stichting Cupertino uit 1998 is in artikel 2 bepaald dat de stichting zich ten doel stelt:
Het functioneren als katholiek landelijk centrum ter bevordering van het welzijn van mensen met een verstandelijke handicap en hun naaste familie; onder ‘katholiek’ wordt hier verstaan: geïnspireerd door de christelijke boodschap, zoals die met name door het Evangelie tot ons is gekomen, en zoals deze binnen de katholieke kerk op pluriforme wijze wordt beleefd; het bevorderen van aandacht voor levensbeschouwelijke, ethische en pastorale aspecten in de zorg voor de doelgroep; het bevorderen van een oecumenische aanpak van de pastorale zorg van de doelgroep en voorts al hetgeen met het vorenstaande rechtstreeks of zijdelings verband houdt of daartoe bevorderlijk kan zijn, alles in de ruimste zin van het woord.
De statuten bepalen verder dat de stichting deze doelstelling o.a. realiseert door het uitgeven van een periodiek, en door – daar waar mogelijk – financiële hulp te bieden bij vernieuwingsprojecten binnen de zorg voor de doelgroep.
In de periode 2003 – 2007 is samen gewerkt met Reliëf, christelijke vereniging van zorgaanbieders. De stichting stelde middelen beschikbaar voor het project Zin in zorg van Reliëf. Het project kende een breder werkveld dan alleen de gehandicaptenzorg. Stichting Cupertino financierde het deel ervan voor de eigen sector.
Cupertino is vanaf 2015 een structurele samenwerkingsovereenkomst aangegaan met Reliëf. Doel van de samenwerking is projecten te ondersteunen die de aandacht voor ethiek en levensbeschouwing in de zorg voor mensen met een verstandelijke beperking bevorderen. Inclusie en participatie vormen het speerpunt van deze projecten.